UE1: Chimie, Biochimie, Biologie moléculaire
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Forum Biologie Moléculaires
Analyse de séquences d'ADN pour déterminer les signaux importants (Promoteurs, Shine D'Algarno, codon initiateurs, STOP, …) et déterminer le ou les ARN ainsi que la ou les protéines synthétisées (déterminer leur taille, comparaison …). Il est aussi possible et intéressant de faire des mutations et prédire leur(s) conséquence. Mutations de l'opéron lactose et leurs caractérisations via les diploïdes partiels (cis et trans dominance)
Proposition de travaux pratiques:
Extraction dADN génomique à partir déchantillons eucaryotes (pour simplification, chez les végétaux) et visualisation de l`ADN. Biologie moléculaire - C2SU. (1ere Séance). Extraction par lyse alcaline d'un plasmide à partir d'une bactérie et analyse par électrophorèse en gel d'agarose. Sera combiné à la manipulation le même plasmide pur sous forme native et digéré par une ou 2 enzymes de restriction. (2eme et 3eme Séance)
Introduction
La biologie moléculaire (parfois abrégée bio. mol. ) est une discipline scientifique de la vie au croisement de la génétique, de la biochimie métabolique et de la physique, dont l'objet est la compréhension des mécanismes de fonctionnement de la cellule au niveau moléculaire.
Forum Biologie Moléculaire Al
C'est simple, c'est le même raisonnement a chaque fois
Vous avez une concentration de départ (celle du "stock"), et une concentration finale (voulue)
Entre les deux, un facteur de dilution. Pour réaliser votre solution il faut donc appliquer ce facteur de dilution, voici un exemple
j'ai du pastis à 45% d'alcool
Je veux une boisson à 15% d'alcool, dans un verre de 30cl
Ici, le facteur de dilution est 45/15 = 3 (oui j'aime le pastis fort), c'est à dire qu'on dilue 3 fois. Forum biologie moléculaires. Comment on dilue par 3 dans un verre de 30 cl? On y met 30cl/3 = 10cl de pastis, et on complète avec de l'eau (30-10=20)
Simple non? Une autre façon de voir, c'est de regarder la conservation de la matière. C'est illustré par la formule
Ci x Vi = Cf x Vf
La quantité de matière avant et après dilution (donc égale au produit du volume par la concentration) ne change pas. Seul le volume, donc la concentration, changent
Dans notre cas
45% x 10mL = 15% x 30mL
De façon générale, on calcule le volume a prélever par Vi = Cf x Vf / Ci
Je vous laisse appliquer cela aux deux premiers exemples
Pour le 3: il faut savoir que quand on prépare une solution contenant un solide (l'agarose), on donne la concentration en masse/volume.
Forum Biologie Moléculaire 3
Le brin anti-sens sert de matrice pour ton ARN polymérase, il va être lu de 3' en 5' par l'enzyme qui va alors synthétiser de 5' en 3' le transcrit primaire par complémentarité des bases. Tiens, tiens.. le brin sens est complémentaire au brin anti-sens et c'est pareil pour le transcrit primaire d'ARNn. En conséquence, le brin sens (=celui qui n'est pas transcrit/ pas lu) a la même séquence que le transcrit primaire à la différence près qu'il y a des T dans le brin sens (ADN) et des U dans le transcrit primaire. Voilà pourquoi le brin sens est appelé brin "codant"; c'est sa séquence qui codera in fine pour la protéine. Forum de biologie, sur eBiologie.fr. La petite subtilité à acquérir, c'est que le promoteur d'un gène est sur le brin sens (fixation du CIT dessus) mais l'ARN pol II lira le brin en face (anti-sens) pour synthétiser le transcrit primaire dont la séquence, tu l'auras compris, est identique à celle retrouvée sur le brin sens (sauf que T est remplacé par U)! Ca c'est grâce à la complémentarité des bases! SI je reprends ton exemple en considérant que la séquence d'ADN est retrouvée sur le brin sens:
5' AATAGCGCTACTGCGA 3' --> brin sens
3' TTATCGCGATGACGCT 5' (complémentarité des bases) --> brin anti-sens
Alors la séquence du transcrit primaire d'ARNm est:
5' AAUAGCGCUACUGCGA 3'
--> identique à celle du brin sens codant (T --> U)
--> complémentaire à celle du brin anti-sens transcrit
Dans ce cas, il ne peut pas y avoir de transcrit de ce brin puisque c'est le brin codant/ non transcrit.
C'est une lecture de triplets de ribonucléotides (= codon). A noter que la séquence d'ARNm au moment de la traduction correspond à la séquence d'ADN des exons du gène sur le brin SENS (=non transcrit/codant) = brin 5'-3'. Forum biologie moléculaire 3. --> On lit toujours une séquence d'acide nucléique de 5' vers 3' TOUJOURS TOUJOURS TOUJOURS
Bref en résumé:
TRANSCRIPTION: du 1er nucléotide de l'exon 1 jusqu'au signal de fin de transcription
MATURATION: élimination de TOUS les introns et élimination des exons possible (= épissage alternatif) sauf exon 1 ou dernier exon, ajout de la coiffe GTP en 5' du transcrit primaire et ajout de la queue poly-A par la poly-A polymérase 15-20 nt en aval du signal de polyadénylation (en aval du codon STOP mais en amont du signal de terminaison. TRADUCTION: du codon initiateur AUG (méthionine) jusqu'à un des 3 codons STOP (UAA, UGA, UAG)
Je te laisse méditer sur ce schéma (de JC Kaplan et M Delpech) pour mieux visualiser: Capture d'écran 2021-11-11 à
2 + 3; Alors attention à déterminer le brin sens (= non transcrit/codant) et le brin anti-sens (= transcrit/matrice/non codant).
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